自动平面打磨抛光机的操作主要目的是为了提高抛光速率，这样能减少平面抛光拉丝机在磨光过程中产生的损伤层。如果速率很高的话，还能使抛光损伤层不会造成假组织，不会影响最终观察到的材料组织。如果是使用较粗的磨料，可以起到去除磨光损伤层的效果，但是也有负面影响，就是会加深抛光时产生的损伤层。如果是用比较细的磨料，则可以很大程度的降低抛光时产生的损伤层，但是抛光的速度也会跟着降低。解决这个问题的主要方法就是在抛光的时候分阶段进行，可进行先粗抛光，磨掉损伤层，然后再进行细抛光，用来去除抛光损伤层。这样不紧加快了速度，还起到了减少损伤的效果。